duda Alert

[txiti]

Una pequeña duda:

if(estaUsuario(dni)){

%>
<script>
alert("El usuario ya existe ¿Desea modificarlo?");
</script>
<%

}
else{

modificar(usuario);
}

Mi pregunta es cuando pongo el alert me sale una pantalla con el mensaje y la x y el boton aceptar si pulsa aceptar kiero q modifique y si pulsa la X q no modifique como le dices eso, es decir como se pone en el codigo? con este pequeño ejemplo.muchas gracias!