Si mantienes todo en utf-8 tiene que andar todo bien.
El detalle que veo es por el lado de phpmyadmin, ya que como comentas, todo te funcionaba correctamente hasta que editaste con el mismo. Yo me he encontrado con problemas a la hora de respaldar desde phpmyadmin (dump), ya que rompe todos los caracteres especiales (como si generara con la info en utf-8 una salida iso).
Revisa lo siguiente:
- Que la interfaz de phpmyadmin esté configurada para utf y no esté en iso (en el home de la aplicación y su configuración).
Si te siguen los problemas, te diría que uses otro cliente para trabajar, no veo que estés haciendo las cosas mal, es la herramienta que te está jugando una mala pasada.
Nota para el resto de las colaboraciones: iso está en desuso, hay que usar solo UTF-8.