No estoy seguro que el componente ASPUpload internamente use métodos que permitan operaciones sobre ficheros de carpetas que no ocupen el FSO, no le vería caso a eso, por lo que muy posiblemente si funcione, pero con esa idea se me ocurre que quizá entonces pudiera funcionar un manejo de archivos "directamente desde el servidor" con WScript.Shell.
Supongo que funcionaría algo como:
Set objShell = Server.CreateObject("WScript.Shell")
objShell.Run "%COMSPEC% /C
instrucción REN/MOVE/COPY archivos", 0, TRUE
Cosa de probar.
ejemplos
Saludos