Cita: rototype es el nùcleo de muchas otras librerìas, Scriptaculous por ejemplo, a esta sí la podriamos comparar con Mootools, también tiene soporte para trabajar por módulos.
Mi preferencia por Prototype, es por su extensa documentación, muy fácil de implementar, extremadamente liviano muchos recursos
http://scripteka.com/ . En fin para gustos no hay nada escrito, y pienso que la mejor manera de ayudar a los demas no es recomendando los gustos personales()
EDITADO: explora algunas de las que hay por ahi y tu decides con cual te sientes más a gusto, siempre es bueno saber de varias.
gracias NUCKLEAR.
un saludo