Es una ironia, amigo, imaginate que entras a algun lugar pidiendo consejos sobre que auto comprar, no estas actualizado, en el tema, y te encuentras con 100 fanaticos de distintas marcas, cada uno te vende las bondades de su modelo predilecto, vos no sabes para donde mirar, al final salis mas confundido que como entraste.... Creo que esas explicaciones estan demas.
Prototype es el nucleo de muchas otras librerias, Scriptaculous por ejemplo, a esta si la podriamos comparar con Mootools, tambien tiene soporte para trabajar por modulos.
Mi preferencia por Prototype, es por su extensa documentacion, muy facil de implementar, extremadamente liviano muchos recursos
http://scripteka.com/ . En fin para gustos no hay nada escrito, y pienso que la mejor manera de ayudar a los demas no es recomendando los gustos personales()
PD: desde ahora no voy a recomendar nada, solamente expondre de por que mis preferencias por tal o cual herramienta..
Saludos