Pregunta básica sobre la organización de un sitio.

[_Maxi]

Hola gente, qué tal?

Les cuento, hace años hacía páginas con frames, por lo tanto tenía 1 sólo html que se encargaba del menu, otro del header, otro del footer, y sólo me encargaba de cambiar los de contenido.

Después empecé con Joomla así que me desentendí un poco de la organización en sí de la página.

Tengo algunos conocimientos en html y css, así que ahora me decido a crear una página en php sin joomla ni frames.

La pregunta puntual es:

Supongamos que yo tengo varias secciones. Ustedes cuando hacen sus sitios hacen un sitio donde cada sección abra un archivo php distinto (opción 1), o siempre llaman al mismo archivo php, pero buscando el contenido a mostrar desde una base de datos? (opción 2).

(opción 1): Si yo hago un cambio en la estructura html del menu principal por ejemplo, tengo que ir cambiándolo en cada archivo que tenga? o se usa alguna otra metodología? Notese que me refiero a estructura y no al style.

(opción 2): Es la manera en que trabaja joomla si no me equivoco.. es recomendable?

Lo que busco como fin es una página que combine php, bases de datos, flash, lo que me sea necesario, por eso la pregunta va acerca de la estructura de la página.

Muchas gracias.