Yo creo que deberías cambiar el sistema que tienes para el cambio de idioma (el combo) ,si es posible, texto y banderita con un vílculo normal. Así google podrá seguir el vínculo y reindexar tus páginas en español.
También puedes hacerte un mapa web que englobe todo y mandarselo a google:
http://www.google.es/search?q=mandar...L_esES278ES278
De cualquier manera ten cuidado cuando realizes esos cambios tan grandes y planealos para mandar el peso de tus páginas (con errores 403) a las nuevas páginas.
Un saludo!