Cita: me he centrado en el modelo mvc para este proyecto.
Ok, no es lo mismo hacer un diseño de 3 capas que un MVC (como inicialmente lo planteaste).
Si quieres aprender cómo se hace un MVC de cero, adelante, pero me parece más productivo de todas formas usar un esquema existente como Zend Framework, y de paso entenderás perfectamente cómo se hace un MVC y habrás incorporado además muchas herramientas a futuro.