prueba creando indices en las FK y en los campos que intervengan en el where, por ejemplo:
Código:
where novedades.usuario_id=usuarios.usuario_id and novedades.cliente_id=clientes.cliente_id and nov_estado=1 and nov_aprobacion=1 and nov_anulada<>1 and nov_subtipo<>4 and nov_subtipo<>8 and nov_fecha between '2006-07-30' and '2008-07-30';
Aqui un indice en las FK y en nov_fecha se notará.
A tener en cuenta que el planificador no siempre utilizará un indice, si "cree" que es mejor no usarlo no lo hará, se puede forzar el uso de indices, pero no es muy recomendable.
Salu2