Cita: Me gustaria recibir vuestras opiniones para saber si existe alguna forma de hacerlo mejor y si realmente aplico el diseño 3 capas, mvc.
Lo que no veo que sean lo mismo, sí son parecidos, es un diseño de 3 o más capas y el patrón MVC.
¿Y por qué no sigues el ejemplo genérico que planteo en el artículo? ¿para qué reinventar la rueda?
index.php -> presentación -> dominio -> persistencia
Diagramadeclase1.png
Lo que puedes agregar, es un paquete "tools" o similar donde tendrás las clases genéricas que podrán ser usadas por cualquiera de las clases de cada capa.
3capas_tools_bien.png
Por ejemplo, si tienes una clase Log que usas en primera instancia en el paquete "dominio", verás con el tiempo que podrás requerir usarlo también en los demás paquetes. No sería conveniente que además de las relaciones inciales entre paquetes, existieran relaciones invertidas entre los mismos (cíclicas) todo por querer usar la clase Log.
De todas formas, te sugiero ir por etapas y simplificar aún más el diseño, por lo menos al principio.