Registrar Script en aspx

[fermaga30]

Hola, he visto que los archivos .js deben registrarse para tener un buen funcionamiento, yo tengo un script en un archivo .js, llamado "Menu.js", pero hay veces que no se activa al entrar a las páginas de donde lo cargo, vamos, no hace la función correspondiente (es un menu con efectos), pero hay ocaciones que no hace el efecto y la página se queda trabada, alguna idea?
Salu2.