Gator

.. chocamos
Para no confundir, que creo se tiene que estar claro lo que esta pidiendo, sugeriría no imprimir por PHP, para eso mejor emplear JS directamente.
Código PHP:
<?php // Agrego para que se vea el coloreado
// Guardamos todo en la base de datos #nombre de la foto
$nombre = $_POST["nombre"]; $link = mysql_connect(DBHOST, DBUSER, DBPASSWORD) or die(mysql_error($link));; mysql_select_db(DBNAME, $link) or die(mysql_error($link));
$sql = "INSERT INTO fotos(n_foto, foto, thumb, mime,id_estu)
VALUES
('$nombre', '$tfoto', '$tthumb', '$type','$id2' )";
mysql_query($sql, $link) or die(mysql_error($link));
// echo "Fotos guardadas";
// Sales de PHP
?>
<script type="text/javascript">alert('lo que quieras');</script>
<?php
// y vuelves a entrar en PHP si fuese necesario (en este pedazo de código, esto sobra, pero obviamente no muestras todo
exit();
}
... que se puede fomentar la idea que es "un alert PHP" y es una mentirota eso

.
Saludos