Un "mensaje de alert()" es JavaScript. Cuestiones de presentación (tamaño, forma, color, posición, etc) NO SON tema de PHP, sino de HTML, CSS o JavaScript (lo que corresponda). No puedes pretender que PHP tenga algo como para decir "imprime este mensaje en la parte inferior derecha" sin recurrir --al menos-- a HTML.
Necesitas:
1. Entender bien como funciona esto
2. Apender bien HTML (o XHTML)
3. Tener nociones de CSS y JavaScript
4. Darte cuenta que primero debiste cumplir los puntos 1 y 3 antes de meterte con PHP.
Saludos
