Cita: otra ventaja es que puedes implementar tecnologías como Hybernate, Struts, Spring, EJB, etc...
Con eclipse y Netbeans tambien se pueden utilizar todas estas tecnologias, incluso eclipse trae un plugin para Hibertante que te genera hasta las clases a partir de la base de datos
otra cosa que trae el netbeans 6.0 que me olvide de comentarte es algo que se llama Profiler es una herramienta para monitorear la memoria qque consume tu programa en la jvm asi tambien como controlar los threads
saludos