Saludos.
Por default dentro del paquete de distribución que genera Visual Studio viene incluido el framework.
Dentro de la creación del paquete de distribución de tu aplicación puedes deshabilitar que lo incluya si los clientes donde vas a instalar tu aplicacion ya cuentan con el framework instalado.
También puedes hacer que revise si el cliente ya lo tiene para instalarlo entonces.
Aqui un punto importante es entener que hay diferentes Frameworks para diferentes ambientes. Es por eso que existen los 'Merge Modules'. Para mas información visita
http://msdn.microsoft.com/library/de...ckagefiles.asp y
http://msdn.microsoft.com/library/de...ge_modules.asp para mas información.