Pregunta un poco rara.

[SPAWN3000]

1. Bueno lo primero utilizar eval(), para evaluar el codigo que ingresa como cadena desde tu base de datos.

La funcion eval(): Evalúa la cadena dada en cadena_codigo como código PHP. Lo que puede ser útil para almacenar código en un campo de texto en una base de datos para su ejecución posterior.

2. Luego puedes utilizar include() y nada mas, es todo... Todos lo usamos.

Recuerda que include es distinto que require...
Include(): incluye, analiza e interpreta el contenido de un archivo, que puede ser codigo php ingresado en una DB. No include_once(), por que en este caso no es util si tu codigo invoca estructuras ciclicas.

require(); Solo invoca o incluye el archivo referenciado, mas no lo interpreta...

3. Deberias conocer algo sobre expreciones regulares y logica de predicados, y tal vez algo de busqueda heuristica se lo que deseas (hacer es un compilador) esto te permitira ampliar tu nive de logica(yo desarrolle un compilador de lenguaje C en Java si te interesa el codigo).

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No se si es lo que pregunas... o no entendi muy bien.