Claro, personalmente yo uso jquery(por la costumbre jeje) pero mootools tiene mayor cantidad de métodos para efectos, si te decides por
jquery, te recomiendo que empieces a ver los métodos de animate, fadeIn, fadeOut,hide,show creo que con esos te basta para hacer lo que quieres.
Si empiezas y te pegas en el desarrollo, aqui estamos para ayudar...
Saludos...