Cita:
Iniciado por David el Grande 
Puedes asignar el valor de retorno de window.open a una variable, por ejemplo:
Código PHP:
ventana = window.open(URL, "ventana1");
Luego, para cerrarla:
Código PHP:
ventana.close();
Asi como dice David, se me ocurre poner en el enlace de logout el evento onclick para que cierre el popup, tambien podrías usar en el unload de la pagina
Código:
<a href="logout.php" onClick="ventana.close()">logout</a>
declarando ventana como global, tambien podrias hacer una funcion para detectar si ventana existe para que no te de error...
Saludos...
