Intentare explicar
Supongamos que tu url es
http://tu-url.com, y tienes todos archivos incluyendo css en el root, por ejemplo
http://tu-url.com/estilo.css, cuando usas mod rewrite alguna url te puede quedar asi ->
http://tu-url.com/algo/otro-algo/, entonces buscare el css en
http://tu-url.com/algo/otro-algo/estilo.css y no lo encontrara y por eso no lo carga.
Solo tienes que agregar esta linea en head (debes ponerlo antes de importar el css)
Código HTML:
<base href="http://tu-url.com/" />