Muchas gracias caricatos,
lo he realizado con offsetHeight y perfecto.
Os lo dejo por si a alguien le hace falta:
Código PHP:
cabecera = document.getElementById("cabecera").offsetHeight;
login = document.getElementById("login").offsetHeight;
pie = document.getElementById("pie").offsetHeight ;
menu = document.getElementById("menu").offsetHeight ;
cuerpo = document.getElementById("cuerpo").offsetHeight ;