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Iniciado por usuariobaneado 
Luis, yo tengo los dos frameworks instalados sin problemas. Aunque al copiar el proyecto web y crear el directorio virtual debes especificar con que framework quieres que trabaje, y eso dependerá si es una aplicación hecha en 2003 o 2005. En tu caso el 2003.
Esto se especifica en el panel de control, herramientas administrativas, IIS. Vas al sitio web, clic derecho, elijes propiedades, y en la pestaña ASP.NET la primera opción dice Versión de ASP.net y al tener los dos frameworks instalados te permitirá elegir entre ambos.
Cierto, pero creo que no me expliqué bien.
1.- Puedes tener TODOS los frameworks existentes.
SIN EMBARGO deberás de instalarlos en el orden correcto.
por orden.
El 2003 al iniciar un proyecto te permite decidir si usar el 1.0 o el 1.1
Pero para los 2.0 en adelante solo vs2005 y solo hasta 2008 te permite decidir que framework usar.