falta command.com y config.nt

[Chapi_juju]

hola a todos!
tengo mi pc infectada con spyware y estoy tratando d limpiarla.
entre en modo a pruba de fallas y ejecute un antispy y luego ccleaner.
cuando reinicie en modo normal me muestra un mensaje diciendo
c:/windows/system32/command.com
c:/windows/system32/config.nt
el archivo de sistema no es apropiado para ejecutar aplicaciones ms-dos y windows
omitir, cerrar
si elijo omitir, caigo en un bucle infinito d esos mensajes, si cierro se reinicia.
como puedo solucionarlo???
gracias desde ya