Código PHP:
$html = file_get_contents("http://dominio.com/foo/bar.php");
preg_match_all('#<a ([^>]* )?href=("|\')([^>]+)("|\')[^>]*>'Uim,$html,$coincidencias);
//En $coincidencias[3] tienes un array con TODOS los links.
Y luego solo te queda comprobar las que son del mismo dominio(puede hacerse en el propio regex también).
Ten en cuenta que hay tres tipos de enlaces que cumplen lo que buscas:
- "http://dominio.com/carpeta/archivo.php" (completas?)
- "carpeta/archivo.php" (relativas)
- y "/carpeta/archivo.php" (absolutas)