No necesariamente será penalizado. El problema son los excesos. Si por ejemplo al pié de página tenemos una barra de vínculos textuales que apunte a las secciones internas del site y estos enlaces cuentan con un anchor text descriptivo, esto es beneficioso para la relevancia de "criterios" (descriptivos) de las páginas enlazadas y también ayuda a la indexación. Ahora si estos vínculos no tienen concordancia temática, los buscadores pueden considerarlo keyword stuffing o ignorarlo por considerarlo irrelevante.
Como decía antes guilledocke:
"trabaja primero para los usuarios y despues para el posicionamiento"
fafonet, creo que te puede servir este enlace para
planificar un site.
Saludos.
Zero Zen.