revisé tu codigo y hay 2 cosas:
1. El array
autorInstitucional no esta definido.
2. el metodo
indexOf es del objeto String no de Array, por eso no te funcionaba
Ojo
Talvez te funcione así, pruébalo y me cuentas que paso..
Código:
var cuil_autor = new Array();
var autorInstitucional = new Array();
function eliminarAutorInstitucional(cuil)
{
for(var i=0;i<cuil_autor.length;i++){
if(cuil_autor[i]==cuil){
cuil_autor.splice(i,1);
autorInstitucional.splice(i,1);
}
}
}
function agregarAutorInstitucional(cuil,nombre)
{
autorInstitucional.push(nombre);
cuil_autor.push(cuil);
alert(autorInstitucional.length+" "+cuil_autor.length);
}
Saludos y Suerte...