Hola:
En la FAQ-100 de javascript hay una información bastante extensa sobre los popups, pero la información que necesitas es bastante simple...
Los 3 parámetros de window.open() son: el primero la dirección de internet que quieres abrir, el segundo es la ventana donde se va a abrir la página, y el tercero las opciones de las ventanas (sus características), entonces de los 3 parámetros, si cambias el primero y mantienes el segundo la nueva dirección se abrirá en la ventana ya existentes...
Un ejemplico:
<span onclick="window.open('http://www.forosdelweb.com', 'popup')">foros del web</span>
<span onclick="window.open('http://www.maestrosdelweb.com', 'popup')">maestros del web</span>
Con esas 2 instrucciones solo se va a abrir una ventana.
Saludos