Claro que son compatibles PHP y javascript .. solo hay q ver como estas mandado ese javascript via PHP si es que así lo haces ..
Perfectamente puedes usar PHP "incrustado" en HTML (junto con javascript de la forma:
Código PHP:
<script languaje="javascript">
bla bla bla .. javascript ...
</script>
<b>algo de HTML ..</b>
<?
// esto es PHP ...
echo "<input .. tal tal .. onClick='algo de javascript'>;
?>
Solo tienes que tener cuidado con las comillas si las llamas en un echo "...."; de PHP .. deberas usar comillas "escapadas" \" .. o comillas simples ...
Pon tu código donde empleas javascript y di q error te da exacto .. será algun error de "parser"? ..
Un saludo,