De hecho no es un hack, es un "contra-hack"
Quiero decir, se usa para poner alguna norma que no quieres que entienda IE6. El ángulo > quiere decir "hijo de", con lo que
html>body #header {margin-bottom:1em} es igual que
html body #header {margin-bottom:1em}
porque body siempre será hijo de html, pero puesto de la primera forma IE6 no lo entiende.
Mikel.