Lo que pasa es que el iframe tiene que ir al revés, es decir, poner el iframe en el contenido. Entonces el resto del sitio está en una sola página, y el contenido va cambiando.
Pon por ejemplo el iframe en el contenido así:
Código HTML:
<iframe src="contenido.html" name="iframe" id="iframe"></iframe>
Y habría que buscar la forma de ponerle a tu menú el atributo target="iframe" en el Javascript
.