Seguramente alguna clase haya para manejarlos, pero en PHP solamente tenés la función
parse_ini_file.
Modificarlos ya sería cuestión de analizarlos primero con el parámetro correspondiente para que genere las "secciones", y luego modificar la matriz generada.
Solamente como comentario: el tipo de archivo que describís no tiene nada que ver con UNIX, de hecho los archivos .INI son invento de Windows
Saludos.