Me parece que es confusa tu pregunta...
Igual no se, pero podrias probar con algo asi:
<div style="z-index:1; position:absolute; margin:0;">Aca va el flash</div>
<div style="z-index:2; position:absolute; margin:0;">Yo me paro arriba!</div>
Con z-index un div tapa otro div. Si metes el flash dentro de un div, deberia de andar... pero no lo probe y no recuerdo haber tenido que tapar un flash con un div, pero bueh, fijate si te sirve.