pongamos que utilizas un bucle for
Código PHP:
for ($i=0; $datos = mysql_fetch_assoc($sqlresource); $i++) {
if ($i & 1) echo '<div class="amarillo">';
else echo '<div class="azul">';
//Lo que sea el resto de código
}
Lo que hace es comprobar si es par o impar, y aplicar la clase según correpsonda. Luego ya solo queda escribir el css.