Premiere es de pago
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El TMPGEnc en sus versiones anteriores a la Express son gratuitos y también multiplexan.
O pasar los videos con el SUPER (gratuito) a otro formato y esos trabajarlos en Premiere, y decir que esa versión de Premiere es algo quisquillosa con los formatos...
Más simple que usar el TMPGEnc 4.0, complicado... De todas formas con Premiere te vas a encontrar con que solo exporta en formatos específicos y tu calidad se alterará o los archvios quedarán más grandes que los originales.