mira....
Código PHP:
<script type="javascript">var arreglo = [<?php
$numeros=array(1,3,4,5,9,78,25,14);
echo join(',', $numeros); ?>];
</script>
ahora, observa el código fuente (resultado) y veras como es que funciona mas o menos esto... espero te ayude, suerte!
PDTA: a Proguri le falto imprimir
$script
la otra técnica es codificar cualquier objeto y/o arreglo de PHP en JSON (que es lo ideal)
Enlace:
http://json.org/json-es.html