La cosa es más simple:
Si ese campo no es usado como FOREIGN KEY en otra tabla:
1. Eliminá el campo que quieres hacer auto_increment:
Código:
ALTER TABLE `usuarios` DROP COLUMN `id`;
2. Vuelvelo a crear:
Código:
ALTER TABLE `usuarios` ADD COLUMN `id` INT( 11 )
NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY;
El propio MySQL numerará los registros.
Si el campo es FK en otra tabla, no podrás hacer esto, y vas a tener que realizar el proceso de nuevo, so pena de generar serios problemas.
Atención: En MySQL un campo AUTOINCREMENT en forzosamente PRIMARY KEY. Si no lo declaras así te dará un error.