Mirate este manual en el caso de audio AC3 usando virtualdubmod y belight:
http://www.mundodivx.com/mpeg/previampg.php Ahí se explican los pasos para pasar el AC3 a WAV y luego ponérselo de nuevo al vídeo, pero en tu caso no tienes que pasar con el belight a formato WAV sino a MP3 de 128 Kbps (que es el estándar de facto para ese tipo de audio...). La única diferencia es esa conversión, que es parecida a la de WAV pero cambiando el formato, y el resto de los pasos son iguales.
