Pues pareciera
checkinstall es la opción para manejar estos programas compilados. En resumen sirve para crear un .deb del programa y de esa manera tener el control de su instalación/desinstalación ... pero resulta que a mi solo me funcionó después de ejecutar el
make install :-/.
Quizá sea la particularidad de las versiones y el modo en el que compilé Apache y PHP... lo dudo, pero ahí esta.
