Hola, cuando los antivirus pasan a cuarentena un archivo infectado, estos archivos no pueden interactuar con el sistema por lo que no hay problema si los tienes ahí, esta acción se realiza porque en caso de que se haya detectado algún archivo válido como infección entonces puedes recuperar el archivo sin probelmas desde la cuarentena. Pero si luego de pasado a cuarentena el archivo, no hay probelmas en el sistema entonces puedes vaciar la cuarentena tranquilamente.
Para la eliminación de infecciones te recomiendo
estos pasos y nos comentas los resultados.
Saludos