sucede que los programas buenos, no estan hechos para recibir multiformatos, se supone que son para trabajos Pro, no para aficionado... Lo malo es que los programas para aficionado son tan malos que les suceden cosas peores.
Lo ideal, mi estimado, es primero, emparejar todos tus videos de sabores a un solo formato/codec, de preferencia AVI que es el mejor para edición, y ya luego hacer tus multicomposiciones multicolores
(swf es un formato vectorial para web, no para edición
)