Para que haga eso tus otros if debes anidar dentro del primer if. Por ejemplo:
Código:
if (respuesta=='S') {
printf ("Respuesta correcta\n")
printf ("La independencia de México fué en el año 1810?\n");
scanf ("%s", &res2);
if (respuesta=='S')
printf("Respuesta correcta\n")
// Aquí sigues con la otra pregunta
}
Espero que eso te ayude a entender cuál es la estructura en que debe estar tu código...