El paso 3 es que busques esta línea:
Código HTML:
$("body").append("<div id='TB_load'><img src='loadingAnimation.gif' /></div>");
En el archivo thickbox.js (que descargarte en el rar), allí reemplaza 'loadingAnimation.gif' por la ruta de la imagen que mostrarás al cargar (loading)...
Si tienes alguna duda con los demás pasos puedes preguntar.