Tambien dentro de avidemux en: edit-preferences-automation hay que marcar las casillas "automatically rebuild index" y "automatically remove packed bitstream" para que de esa forma avidemux ya no nos pregunte nada al ejecutar script.bat y se dedique solo a multiplexar y multiplexar hasta que termine con todos los videos.
Estuve chequeando avidemux algo a fondo y la verdad que tiene bien merecido el apodo de virtualdub de linux y con el manejo de linea de comandos ufff le lleva una gran ventaja a virtualdub mas que nada a los que trabajamos con lotes de archivos, no se puede ingresar a su web oficial, a ver si alguien explica porque pero en algunos sitios en ingles hay documentacion sobre lineas de comandos de este programa y tambien sobre su uso.
Un saludo y ojala a alguien mas le sirva esta info