si tienes el iframe en un div por ejemplo:
Código HTML:
<div id="aaa">
<iframe ...></iframe>
</div>
aqui el js
Código PHP:
function removeAllChilds(a)
{
a=document.getElementsById(a);
while(a.hasChildNodes())
a.removeChild(a.firstChild);
}
llamada al js:
Código PHP:
removeAllChilds('aaa');