Bueno... el tema es que no estoy hablando de mod_rewrite solamente, recuerda que .htaccess tiene configuraciones de acceso por http y el ejemplo que puse es una sola aplicacion util.
Revisa informacion en:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/es/howto/auth.html aca hablan de "Autentificación, Autorización y Control de Acceso"
Por otra parte si tienes esto, mas alguna configuracion de mod_rewrite es posible crear algo muy capaz de evadir tu requerimiento de copiar y pegar el url y volver al mismo lugar, y de esta manera utilizas tu servidor como proteccion y no php.
Suerte!