Hola,
Y por qué no pones el script en el head una sola vez y lo llamas desde el body cuando lo necesites??
Código:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
<!--
function abreVentana(file){
window.open(file,"","toolbar=no,location=no,directories =no,status=0,menubar=no,scrollbars=no,resizable=no ,width=600,height=449");
}
// -->
</script>
</head>
<body>
...
<table width="462" border="1" bordercolor="#143A2D" bgcolor="#D4D0C8">
<tr>
<th width="139" scope="row">
<a href="javascript:abreVentana('1.html')" class="Estilo3"><img src="P1010061.gif" width="154" height="108" /></a>
</th>
<td width="307">UJGFKJGskdgaksfg</td>
</tr>
<tr>
<th scope="row"><img src="P1010242.gif" width="154" height="108" border="0" /></th>
<td>jhfgljhrsg</td>
</tr>
<tr>
<th scope="row">
<a href="javascript:abreVentana('2.html')" class="Estilo3"><img src="P1010247.gif" width="154" height="108" /></a> </th>
<td>ljhsdfljhsdfgolihsdf</td>
...
</body>
</html>
De la otra forma estás declarando la misma función dos veces, con lo cual prevalecerá la última, donde no usas parámetros y siempre llamas al mismo archivo.
Saludos