Rutas absolutas no es una burrada si las construyes dinamicamente... es decir, si donde tienes el llamado a un js en el html en ves de llamar a ../js/jquery.js llamas a un <?php echo URL_JS_FOLDER ?>jquery.js y tu constante URL_JS_FOLDER esta definida de la forma
www.dominio.com/js/ todo te funciona y si el dia de manana mueves los JS o cambas el domino solo tienes que cambiar eso en el php de configuracion del sitio...
Espero haber sido claro..