Creo que hay 2 posibilidades;
1 o no estas haciendo bien el pdf->Ooutput(); correctamente.
o
2 No estas declarando bien el include de FONTs, revisa bien que el archivo en dodne estas ejecutando el script este bien linkeado con el fpdf.php y la carpeta de fonts.
Revisa los tutoriales de la pagina creo es fpdf.org.
Un saludo.
