He revisado su sitemap y el mismo es consistente, está bien formado.
El problema, puede ser, que en algunos casos pasás hasta 2 parámetros en algunas URL.
Y seguramente será ahí donde el crawler se pierde.
No es el caso de la Home, por cierto. Ahí debe haber otro tema.
Para el resto, como usás Apache, podés mediante
mod_rewrite hacer tus URL más amigables.