Código:
SELECT
pendientes.muestraid AS sin_facturar,
sin_actas.muestraid AS ensayos_pendientes,
muestra.muestraid,
muestra.albaran
FROM muestra
JOIN ensayos ON muestra.tipomuestraid = ensayos.ensayoid
LEFT OUTER JOIN (SELECT DISTINCT muestraid
FROM ensayo_muestra
WHERE (estadoalbaran = 0 OR estadoalbaran IS NULL) AND inactivo IS NULL
) pendientes ON pendientes.muestraid = muestra.muestraid
LEFT OUTER JOIN (SELECT DISTINCT ensayo_muestra.muestraid
FROM ensayo_muestra WHERE ensayo_muestra.inactivo IS NULL
EXCEPT
SELECT DISTINCT ensayo_muestra.muestraid
FROM ensayo_muestra
JOIN actas_archivo ON actas_archivo.ensayo_muestraid = ensayo_muestra.ensayo_muestraid
WHERE (acta_clase = 1 OR acta_clase IS NULL)
) sin_actas ON sin_actas.muestraid = muestra.muestraid
WHERE muestra.inactivo IS NULL
AND ((pendientes.muestraid IS NOT NULL) OR (0 = variable1))
AND ((sin_actas.muestraid IS NOT NULL) OR 0 = variable2)
Si no entiendes algo.... te buscas la vida

jaja es broma, pregunta!
Salu2