lmaestro ha mencionado buenos puntos en cuanto a la seguridad, pero realmente no creo viable instalar suhosin, mod_security, mod_evasive, mucho menos parchear el kernel con GRsec si no tienes conocimientos específicos sobre qué y para qué está cada cosa.
Te sugiero ir leyendo de a poco sobre seguridad, hay muchos how tos y documentos en internet.
Sobre yum, si usas CentOS o bien RHE 5.1.x puedes manejarlo así:
yum install aplicación
yum remove aplicación
yum update
man yum 
Saludos,